La baza fiecarui program de sanatate ocupationala se afla relatia dintre angajator si medic.

În medicina generala, rolul medicului este acela de a sustine întotdeauna interesul pacientului. Medicina muncii însa este diferita. În mod inevitabil, asupra medicului exista presiuni din mai multe directii, incluzând opinia asteptata de angajator, speranta tramentului medical din partea angajatului, scopul profitabilitatii din partea managerului de program si necesitatea de a fi îndeplinite cerintele legale. Din nefericire, istoria medicinii muncii a fost patata de cazuri în care medicii au ascuns informatii referitoare la riscurile de la locul de munca fata de angajati sau fata de public. Conflicte de aceasta natura pot aparea în continuare.

Principiile de buna practica presupun faptul ca recomandarile si deciziile luate au baze stiintifice corecte, sunt actualizate cu privire la reglementarile legale în vigoare, recunoasterea nivelului influentelor la care este supus practicianul, consultarea cu alti colegi în caz de dilema si aderarea la codurile etice medicale.

Calitatea serviciilor furnizate depinde de mai multi factori cum ar fi deschiderea si dedicarea angajatorului pentru creerea unui mediu de munca sigur si sanatos sau cantitatea de informatii si accesul oferite de catre angajator. Dar, în ultima instanta responsabilitatea legala pentru sanatatea si securitatea angajatilor este a angajatorului si nu a medicului de medicina muncii.